A modular tool to aggregate results from bioinformatics analyses across many samples into a single report.
Report generated on 2021-05-29, 15:12 based on data in: C:\Users\ChengXin\PycharmProjects\untitled\pmultiqc\test_data\UPS1\unique-peptides-target-only-star-align-stricter-pep-protein-FDR\proteomics_lfq
ProteomicsLFQ
proteomicslfq is an example module to show how the MultQC pluginm system works.
HeatMap
This plot shows the pipeline performance overview
This plot shows the pipeline performance overview. Some metrics are calculated.
- Heatmap score[Contaminants]: as fraction of summed intensity with 0 = sample full of contaminants; 1 = no contaminants
- Heatmap score[Pep Intensity (>23.0)]: Linear scale of the median intensity reaching the threshold, i.e. reaching 221 of 223 gives score 0.25.
- Heatmap score[Charge]: Deviation of the charge 2 proportion from a representative Raw file.
- Heatmap score [MC]: the fraction (0% - 100%) of fully cleaved peptides per Raw file
- Heatmap score [MC Var]: each Raw file is scored for its deviation from the ‘average’ digestion state of the current study.
- Heatmap score [ID rate over RT]: Scored using ‘Uniform’ scoring function.
- Heatmap score [MS2 Oversampling]: The percentage of non-oversampled 3D-peaks.
- Heatmap score [Pep Missing]: Linear scale of the fraction of missing peptides.
Experimental Design
This plot shows the Proteomics Experimental Design
This plot shows the Proteomics Experimental Design. You can see details about it in https://abibuilder.informatik.uni-tuebingen.de/archive/openms/Documentation/release/latest/html/classOpenMS_1_1ExperimentalDesign.html
| Spectra File | Fraction_Group | Fraction | Label | Sample | MSstats_Condition | MSstats_BioReplicate |
|---|---|---|---|---|---|---|
| UPS1_12500amol_R1.mzML | 1 | 1 | 1 | 1 | UPS1|12500 amol | 1 |
| UPS1_12500amol_R2.mzML | 2 | 1 | 1 | 1 | UPS1|12500 amol | 1 |
| UPS1_12500amol_R3.mzML | 3 | 1 | 1 | 1 | UPS1|12500 amol | 1 |
| UPS1_125amol_R1.mzML | 4 | 1 | 1 | 2 | UPS1|125 amol | 2 |
| UPS1_125amol_R2.mzML | 5 | 1 | 1 | 2 | UPS1|125 amol | 2 |
| UPS1_125amol_R3.mzML | 6 | 1 | 1 | 2 | UPS1|125 amol | 2 |
| UPS1_25000amol_R1.mzML | 7 | 1 | 1 | 3 | UPS1|25000 amol | 3 |
| UPS1_25000amol_R2.mzML | 8 | 1 | 1 | 3 | UPS1|25000 amol | 3 |
| UPS1_25000amol_R3.mzML | 9 | 1 | 1 | 3 | UPS1|25000 amol | 3 |
| UPS1_2500amol_R1.mzML | 10 | 1 | 1 | 4 | UPS1|2500 amol | 4 |
| UPS1_2500amol_R2.mzML | 11 | 1 | 1 | 4 | UPS1|2500 amol | 4 |
| UPS1_2500amol_R3.mzML | 12 | 1 | 1 | 4 | UPS1|2500 amol | 4 |
| UPS1_250amol_R1.mzML | 13 | 1 | 1 | 5 | UPS1|250 amol | 5 |
| UPS1_250amol_R2.mzML | 14 | 1 | 1 | 5 | UPS1|250 amol | 5 |
| UPS1_250amol_R3.mzML | 15 | 1 | 1 | 5 | UPS1|250 amol | 5 |
| UPS1_50000amol_R1.mzML | 16 | 1 | 1 | 6 | UPS1|50000 amol | 6 |
| UPS1_50000amol_R2.mzML | 17 | 1 | 1 | 6 | UPS1|50000 amol | 6 |
| UPS1_50000amol_R3.mzML | 18 | 1 | 1 | 6 | UPS1|50000 amol | 6 |
| UPS1_5000amol_R1.mzML | 19 | 1 | 1 | 7 | UPS1|5000 amol | 7 |
| UPS1_5000amol_R2.mzML | 20 | 1 | 1 | 7 | UPS1|5000 amol | 7 |
| UPS1_5000amol_R3.mzML | 21 | 1 | 1 | 7 | UPS1|5000 amol | 7 |
| UPS1_500amol_R1.mzML | 22 | 1 | 1 | 8 | UPS1|500 amol | 8 |
| UPS1_500amol_R2.mzML | 23 | 1 | 1 | 8 | UPS1|500 amol | 8 |
| UPS1_500amol_R3.mzML | 24 | 1 | 1 | 8 | UPS1|500 amol | 8 |
| UPS1_50amol_R1.mzML | 25 | 1 | 1 | 9 | UPS1|50 amol | 9 |
| UPS1_50amol_R2.mzML | 26 | 1 | 1 | 9 | UPS1|50 amol | 9 |
| UPS1_50amol_R3.mzML | 27 | 1 | 1 | 9 | UPS1|50 amol | 9 |
Summary Table
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline summary statistics
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline summary statistics
| Total MS/MS Spectral | Total MS/MS Spectral Identified | Identified MS/MS Spectral Coverage | Total Peptide Count | Total Protein Identified |
|---|---|---|---|---|
| 1035348 | 402297 | 38.86% | 8641 | 1141 |
Pipeline Result Statistics
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline final result
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline final result.
Including Sample Name、Possible Study Variables、identified the number of peptide in the pipeline、
and identified the number of modified peptide in the pipeline, eg. All data in this table are obtained
from the out_msstats file. You can also remove the decoy with the remove_decoy parameter.
| Spectra File | Sample Name | condition | fraction | peptide_num | modified_peptide_num | protein_num |
|---|---|---|---|---|---|---|
| UPS1_12500amol_R1.mzML | 1 | UPS1|12500 amol | 1 | 3775 | 488 | 864 |
| UPS1_12500amol_R2.mzML | 1 | UPS1|12500 amol | 1 | 3815 | 485 | 855 |
| UPS1_12500amol_R3.mzML | 1 | UPS1|12500 amol | 1 | 3813 | 462 | 864 |
| UPS1_125amol_R1.mzML | 2 | UPS1|125 amol | 1 | 3969 | 474 | 831 |
| UPS1_125amol_R2.mzML | 2 | UPS1|125 amol | 1 | 3941 | 452 | 851 |
| UPS1_125amol_R3.mzML | 2 | UPS1|125 amol | 1 | 3792 | 477 | 834 |
| UPS1_25000amol_R1.mzML | 3 | UPS1|25000 amol | 1 | 3914 | 524 | 869 |
| UPS1_25000amol_R2.mzML | 3 | UPS1|25000 amol | 1 | 3671 | 483 | 841 |
| UPS1_25000amol_R3.mzML | 3 | UPS1|25000 amol | 1 | 3812 | 503 | 846 |
| UPS1_2500amol_R1.mzML | 4 | UPS1|2500 amol | 1 | 3544 | 429 | 814 |
| UPS1_2500amol_R2.mzML | 4 | UPS1|2500 amol | 1 | 3629 | 440 | 818 |
| UPS1_2500amol_R3.mzML | 4 | UPS1|2500 amol | 1 | 3597 | 435 | 834 |
| UPS1_250amol_R1.mzML | 5 | UPS1|250 amol | 1 | 3783 | 445 | 816 |
| UPS1_250amol_R2.mzML | 5 | UPS1|250 amol | 1 | 3734 | 452 | 834 |
| UPS1_250amol_R3.mzML | 5 | UPS1|250 amol | 1 | 3875 | 459 | 848 |
| UPS1_50000amol_R1.mzML | 6 | UPS1|50000 amol | 1 | 3971 | 578 | 821 |
| UPS1_50000amol_R2.mzML | 6 | UPS1|50000 amol | 1 | 3923 | 559 | 816 |
| UPS1_50000amol_R3.mzML | 6 | UPS1|50000 amol | 1 | 4020 | 581 | 828 |
| UPS1_5000amol_R1.mzML | 7 | UPS1|5000 amol | 1 | 3666 | 444 | 832 |
| UPS1_5000amol_R2.mzML | 7 | UPS1|5000 amol | 1 | 3653 | 424 | 833 |
| UPS1_5000amol_R3.mzML | 7 | UPS1|5000 amol | 1 | 3384 | 360 | 802 |
| UPS1_500amol_R1.mzML | 8 | UPS1|500 amol | 1 | 3684 | 458 | 814 |
| UPS1_500amol_R2.mzML | 8 | UPS1|500 amol | 1 | 3684 | 445 | 827 |
| UPS1_500amol_R3.mzML | 8 | UPS1|500 amol | 1 | 3666 | 456 | 817 |
| UPS1_50amol_R1.mzML | 9 | UPS1|50 amol | 1 | 4524 | 550 | 893 |
| UPS1_50amol_R2.mzML | 9 | UPS1|50 amol | 1 | 4161 | 533 | 871 |
| UPS1_50amol_R3.mzML | 9 | UPS1|50 amol | 1 | 4098 | 508 | 847 |
Number of Peptides Per Proteins
This plot shows the number of peptides per proteins in ProteomicsLFQ pipeline final result
This statistic is extracted from the out_msstats file. Proteins supported by more peptide identifications can constitute more confident results.
Quantification Result
This plot shows the quantification information of peptidesin ProteomicsLFQ pipeline final result
The quantification information of peptides is obtained from the pep table in the mzTab file. The table shows the quantitative level of peptides in different study variables.
| ID | sequence | peptide_abundance_study_variable[1] | peptide_abundance_study_variable[2] | peptide_abundance_study_variable[3] | peptide_abundance_study_variable[4] | peptide_abundance_study_variable[5] | peptide_abundance_study_variable[6] | peptide_abundance_study_variable[7] | peptide_abundance_study_variable[8] | peptide_abundance_study_variable[9] | peptide_abundance_study_variable[10] | peptide_abundance_study_variable[11] | peptide_abundance_study_variable[12] | peptide_abundance_study_variable[13] | peptide_abundance_study_variable[14] | peptide_abundance_study_variable[15] | peptide_abundance_study_variable[16] | peptide_abundance_study_variable[17] | peptide_abundance_study_variable[18] | peptide_abundance_study_variable[19] | peptide_abundance_study_variable[20] | peptide_abundance_study_variable[21] | peptide_abundance_study_variable[22] | peptide_abundance_study_variable[23] | peptide_abundance_study_variable[24] | peptide_abundance_study_variable[25] | peptide_abundance_study_variable[26] | peptide_abundance_study_variable[27] |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | YPDIFPVMK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1535284.750000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 342402.593750 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 2 | KSNHNSHSSK | nan | 42420.906250 | nan | nan | 70434.921875 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 50755.507812 | nan | nan | 29812.269531 | nan | nan | nan | nan | 93155.328125 | nan | nan | nan | 35206.242188 | nan | 112332.296875 | 99649.265625 |
| 3 | KPASASSSSHGTTHSSASSTGSK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 435562.343750 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 4 | KHTQHK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 811296.062500 | 785461.750000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 5 | HEDVHR | 109476.726562 | nan | nan | 632598.875000 | 662993.062500 | 1091003.375000 | nan | 328236.750000 | nan | 1680056.750000 | 1153819.250000 | 446417.531250 | 566792.000000 | 1124837.375000 | 977686.187500 | nan | nan | nan | 1343889.875000 | 1077575.000000 | 562681.375000 | 964812.312500 | 747470.312500 | 832758.500000 | nan | nan | nan |
| 6 | HHNEGTVSK | 464123.750000 | nan | nan | nan | 402090.062500 | 485311.312500 | nan | 651087.812500 | 237535.671875 | 2713108.750000 | 573661.125000 | 372533.343750 | 1618076.500000 | 432238.968750 | 1083781.000000 | nan | nan | nan | 476860.250000 | 548713.750000 | 977519.750000 | 1081845.500000 | 1087621.750000 | 380893.656250 | nan | nan | nan |
| 7 | ITTTQHASKPK | nan | nan | nan | nan | nan | 1241169.000000 | nan | nan | nan | 203706.156250 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 97597.937500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 8 | YDSTHGR | 1101987.500000 | 1116074.250000 | 1093054.125000 | nan | nan | nan | 947414.437500 | 1522625.375000 | 1230558.125000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1319410.125000 | 1354251.625000 | 1361846.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 9 | VLHHEK | nan | nan | nan | nan | 580918.437500 | 928945.062500 | nan | nan | nan | 6174850.500000 | 985525.937500 | nan | 5265836.000000 | 1151918.125000 | 1047077.687500 | nan | nan | nan | 1170664.750000 | 837530.812500 | nan | 1252125.625000 | 1044594.000000 | nan | nan | nan | nan |
| 10 | KHGGPKDEER | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 2035890.750000 | 1995005.125000 | 1970660.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 11 | HALHGTAK | 524372.312500 | nan | nan | 778834.875000 | 1103923.375000 | 1968413.750000 | nan | 1710349.625000 | 549949.687500 | 4922262.000000 | 2239081.750000 | 1141936.750000 | 4973347.500000 | 2723031.750000 | 1971762.375000 | nan | nan | nan | 2989128.000000 | 2108014.000000 | 1334594.125000 | 2953708.250000 | 2423831.250000 | 2107135.750000 | nan | nan | nan |
| 12 | GMAGGQHHHR | nan | nan | nan | 177070.359375 | 139076.796875 | 111180.023438 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 112377.156250 | 126382.992188 | nan | 710121.500000 | 1072558.000000 | 299415.343750 | nan | nan | nan | 118663.515625 | 161408.109375 | 100469.937500 | 2693810.750000 | 3712512.500000 | 3014100.250000 |
| 13 | GHDSADHASQNSGGKPR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 345763.156250 | 425023.437500 | nan | nan | 1005388.437500 | nan | nan | nan | 828039.312500 | 391210.718750 | 183642.406250 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 14 | SKNHTAHNQTR | nan | nan | nan | 553591.375000 | 200473.203125 | 521646.531250 | nan | nan | 232103.875000 | nan | nan | nan | 146595.531250 | 383421.718750 | 367374.375000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 412287.625000 | nan | 385541.531250 | 2458360.750000 | 1704870.875000 | 799480.937500 |
| 15 | DTTHIK | nan | nan | 10260595.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 16 | HAHGDQYK | 2280078.250000 | 2695646.500000 | 4144258.250000 | 2927984.500000 | 717448.062500 | 569066.687500 | 3825071.250000 | 1729560.750000 | 1348484.250000 | 417204.093750 | 1329214.750000 | 1609287.375000 | 1103151.000000 | 716054.062500 | 1458333.000000 | 691154.125000 | 231055.265625 | nan | 1249660.250000 | 1550489.875000 | 1554793.125000 | 1213144.375000 | 879403.750000 | 1199378.125000 | nan | 1132017.375000 | 2143645.500000 |
| 17 | HIDAGAKK | 1032032.437500 | nan | nan | 4259017.500000 | 5748595.500000 | 8919048.000000 | nan | 3209053.000000 | 4017641.250000 | 6444793.000000 | 2457546.250000 | 1129948.000000 | 20178290.000000 | 11155031.000000 | 7866368.500000 | nan | nan | nan | 2460415.250000 | 1853720.500000 | 1162547.875000 | 10095528.000000 | 8613210.000000 | 7369748.000000 | nan | nan | nan |
| 18 | TVDGPSHK | 1107416.000000 | 1094882.500000 | 1106273.875000 | nan | nan | nan | 1047103.625000 | 1834514.375000 | 1503664.125000 | nan | nan | 975960.187500 | nan | nan | nan | 1482506.000000 | 1408446.875000 | 1444747.250000 | nan | 973444.812500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 312946.656250 |
| 19 | KSCHTAVDR | 795135.937500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 20 | HLKSEDEMK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 361571.281250 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 146740.046875 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 21 | YKGTVSHDDK | nan | nan | nan | nan | nan | 661413.437500 | nan | nan | nan | 2007406.750000 | 339409.531250 | nan | 1841758.250000 | 417697.593750 | nan | nan | nan | nan | 409709.906250 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 22 | TAAHTHIK | nan | nan | nan | nan | nan | 823045.125000 | nan | nan | nan | 1656830.500000 | nan | nan | 1357036.625000 | 833695.687500 | nan | nan | nan | nan | 1094428.000000 | 699706.375000 | 703354.187500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 23 | KRPVPK | 4096939.250000 | 1771598.000000 | nan | 5403828.500000 | 13136981.000000 | 18317704.000000 | 1588964.250000 | 9759575.000000 | 3039966.000000 | 25647244.000000 | 7801262.000000 | 6247166.500000 | 22657700.000000 | 23035096.000000 | 18708216.000000 | nan | nan | nan | 7269465.500000 | 6782982.500000 | nan | 20169610.000000 | 21772338.000000 | 17229828.000000 | nan | nan | nan |
| 24 | KKDDVVK | 667884.000000 | nan | nan | 1518363.250000 | 1578742.250000 | nan | nan | 1583934.625000 | 587978.312500 | nan | 3726161.250000 | 1094901.500000 | nan | 3285925.500000 | 2673467.750000 | nan | nan | nan | 2214772.500000 | 1921190.750000 | nan | nan | nan | 2628283.750000 | nan | nan | nan |
| 25 | VHGEEDPTKK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 409504.812500 | nan | nan | 711285.312500 | nan | nan | 520567.531250 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 26 | KDKEACVHK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 805342.562500 | 697646.375000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 27 | GNAFLDIK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 514988.437500 | nan | nan | nan | nan | nan |
| 28 | DKSEAPKEEAGETNK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1187067.750000 | 790827.687500 | 572823.500000 | 1017232.750000 | nan | 888972.875000 | nan | nan | nan | 852340.687500 | 770119.000000 | 552103.500000 | nan | 623865.750000 | nan | nan | nan | nan |
| 29 | AQNEFDDLIAAQQNAINR | nan | 453164.656250 | nan | nan | 907825.812500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 30 | KLSEESKR | 1026789.250000 | nan | 342705.750000 | 803030.250000 | 938430.375000 | 1053787.000000 | 376283.156250 | 1318315.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | 1285631.250000 | 1249455.500000 | nan | nan | nan | nan | 1028740.187500 | nan | 1174728.000000 | 1337265.875000 | 1315115.375000 | nan | nan | nan |
| 31 | KKAPAGGAADAAAK | 627051.437500 | 488833.562500 | 220769.015625 | 1273792.500000 | 1291778.375000 | 1548640.750000 | 405325.031250 | 1684237.500000 | 862098.062500 | 1761354.625000 | 1235612.250000 | 979589.812500 | 2235350.750000 | 1610879.125000 | 1233862.000000 | nan | nan | nan | 2201255.750000 | 1279841.000000 | 849178.000000 | 1704349.750000 | 1617460.500000 | 1991755.625000 | nan | nan | 291959.906250 |
| 32 | KKAPAGGAADAAAK | 1599213.250000 | 1170798.875000 | 792742.625000 | 2301550.750000 | 2846155.000000 | 3086109.000000 | 1110898.250000 | 3001132.750000 | 1383964.500000 | 4161654.500000 | 2870802.750000 | 2281553.500000 | 3831100.000000 | 3462922.500000 | 2961193.750000 | nan | nan | nan | 3197624.500000 | 3161641.000000 | 2552778.750000 | 4262905.500000 | 3194209.500000 | 3614427.250000 | nan | nan | nan |
| 33 | MYTSMGGIEPKELFVVGK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1019055.875000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 34 | TNLANNKKPEK | nan | nan | nan | nan | 242056.562500 | nan | nan | nan | nan | 256866.000000 | nan | nan | 401173.437500 | 250875.515625 | nan | nan | nan | nan | 104897.625000 | nan | nan | nan | 225022.109375 | nan | nan | nan | nan |
| 35 | YKGTVSHDDK | nan | nan | nan | 536344.687500 | 628485.125000 | 891673.750000 | nan | 227097.421875 | nan | 1574141.375000 | 308576.687500 | 729487.812500 | 1385474.875000 | 994529.250000 | 766715.375000 | nan | nan | nan | 448553.906250 | 300968.875000 | nan | 803444.750000 | 674408.500000 | 727399.437500 | nan | nan | nan |
| 36 | RKPVTEAR | 7745268.500000 | 6563301.000000 | 3275418.750000 | nan | nan | nan | 14163414.000000 | 15999148.000000 | 23497936.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 6048500.000000 | 1994620.875000 | 711268.062500 | nan | nan | 1003286.312500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 37 | DKAETLKK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 3896208.750000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1649725.750000 | nan | nan | nan | nan | nan |
| 38 | MEAALTMDMLATDLADYLVR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 903538.937500 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 39 | GHVDSHVR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 8509713.000000 | 4905183.000000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 40 | YITTWENEFLDSQR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 3381872.250000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 41 | KEGLDGHR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 508388.531250 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 42 | TVDKPVGSSHAQEK | 1087654.000000 | nan | 712078.062500 | nan | nan | nan | 809408.625000 | 4070167.500000 | 1229225.250000 | nan | nan | 2519071.500000 | nan | 3156083.250000 | nan | 638375.562500 | nan | nan | nan | nan | 1794375.750000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 43 | MYTSMGGIEPKELFVVGK | 1014291.375000 | nan | nan | nan | nan | 1312638.875000 | nan | nan | nan | nan | nan | 1069588.125000 | nan | 1389739.875000 | 1151548.375000 | nan | nan | nan | 1124897.875000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 44 | HAEHIK | 12998028.000000 | 3371087.250000 | 2469402.250000 | 8356236.000000 | 9643225.000000 | 10859275.000000 | 2899025.500000 | 15009988.000000 | 4527445.000000 | 12764215.000000 | 3435167.500000 | 9207178.000000 | 12259855.000000 | 12555073.000000 | 8108705.000000 | 411986.156250 | nan | nan | 5342498.000000 | 9926602.000000 | 5128991.000000 | 12793681.000000 | 12395506.000000 | 8904352.000000 | nan | 408263.031250 | 3315672.750000 |
| 45 | ISIFYNDPVSSLSFEPSEK | 5685108.500000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 46 | HIDAGAK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 3250921.000000 | 2881278.250000 | 2878214.250000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 47 | HFHTHKPAR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 496860.156250 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan |
| 48 | SKNHTAHNQTR | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 1198599.125000 | nan | nan |
| 49 | ISIFYNDPVSSLSFEPSEK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 2012215.750000 | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 2248239.250000 | nan | nan | nan |
| 50 | NQEKEQEEQQQQEGHNNKEEHK | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | nan | 980375.875000 | nan | nan |
Peptide-Spectrum Matches
This plot shows the PSM informationin ProteomicsLFQ pipeline final result
This table fully displays the peptide spectrum matching information in the mzTab file:
- sequence: peptide sequence
- unique
- search_engine_score
| PSM_ID | sequence | unique | search_engine_score[1] |
|---|---|---|---|
| 0 | YPDIFPVMK | 1 | 0.020432400 |
| 1 | YPDIFPVMK | 1 | 0.049212900 |
| 2 | KSNHNSHSSK | 1 | 0.005596630 |
| 3 | KSNHNSHSSK | 1 | 0.001955450 |
| 4 | KSNHNSHSSK | 1 | 0.002299490 |
| 5 | KSNHNSHSSK | 1 | 0.000369168 |
| 6 | KSNHNSHSSK | 1 | 0.075574400 |
| 7 | KSNHNSHSSK | 1 | 0.000709643 |
| 8 | KSNHNSHSSK | 1 | 0.001452470 |
| 9 | KSNHNSHSSK | 1 | 0.001572540 |
| 10 | KPASASSSSHGTTHSSASSTGSK | 1 | 0.000000035 |
| 11 | KHTQHK | 0 | 0.011284000 |
| 12 | KHTQHK | 0 | 0.011084400 |
| 13 | HEDVHR | 1 | 0.000337860 |
| 14 | HEDVHR | 1 | 0.002171290 |
| 15 | HEDVHR | 1 | 0.000395317 |
| 16 | HEDVHR | 1 | 0.001292100 |
| 17 | HEDVHR | 1 | 0.001041510 |
| 18 | HEDVHR | 1 | 0.007875650 |
| 19 | HEDVHR | 1 | 0.000956745 |
| 20 | HEDVHR | 1 | 0.000783561 |
| 21 | HEDVHR | 1 | 0.001100610 |
| 22 | HEDVHR | 1 | 0.000617042 |
| 23 | HEDVHR | 1 | 0.001782390 |
| 24 | HEDVHR | 1 | 0.002193120 |
| 25 | HEDVHR | 1 | 0.002604750 |
| 26 | HEDVHR | 1 | 0.001791710 |
| 27 | HEDVHR | 1 | 0.002509710 |
| 28 | HEDVHR | 1 | 0.004418400 |
| 29 | HEDVHR | 1 | 0.000600523 |
| 30 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000133779 |
| 31 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000005448 |
| 32 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000172128 |
| 33 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000006248 |
| 34 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000443889 |
| 35 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000074277 |
| 36 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000077329 |
| 37 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000097670 |
| 38 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000047111 |
| 39 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000003528 |
| 40 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000041733 |
| 41 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000058530 |
| 42 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000005865 |
| 43 | HHNEGTVSK | 1 | 0.030330400 |
| 44 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000059593 |
| 45 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000014703 |
| 46 | HHNEGTVSK | 1 | 0.000206862 |
| 47 | ITTTQHASKPK | 1 | 0.001343850 |
| 48 | ITTTQHASKPK | 1 | 0.000170746 |
| 49 | ITTTQHASKPK | 1 | 0.000105876 |
Spectra Tracking
This plot shows the ProteomicsLFQ pipeline mzML tracking
This table shows the changes in the number of spectra corresponding to each input file
during the pipeline operation. And the number of peptides finally identified is obtained from
the PSM table in the mzTab file. You can also remove the decoy with the remove_decoy parameter.:
- MS1_Num: The number of MS1 spectra extracted from mzMLs
- MS2_Num: The number of MS2 spectra extracted from mzMLs
- MSGF: The Number of spectra identified by MSGF search engine
- Comet: The Number of spectra identified by Comet search engine
- Final result of spectra: extracted from PSM table in mzTab file
- Final result of Peptides: extracted from PSM table in mzTab file
| Spectra File | MS1_Num | MS2_Num | MSGF | Comet | Final result of spectra | Final result of Peptides |
|---|---|---|---|---|---|---|
| UPS1_12500amol_R1.mzML | 7012 | 39718 | 26747 | 26156 | 15281 | 4190 |
| UPS1_12500amol_R2.mzML | 6976 | 39682 | 26736 | 26338 | 15382 | 4230 |
| UPS1_12500amol_R3.mzML | 6962 | 39782 | 26484 | 26148 | 15093 | 4215 |
| UPS1_125amol_R1.mzML | 7277 | 36802 | 26205 | 25778 | 15086 | 4389 |
| UPS1_125amol_R2.mzML | 7302 | 36813 | 25925 | 25574 | 14816 | 4364 |
| UPS1_125amol_R3.mzML | 7306 | 36871 | 25809 | 25470 | 14424 | 4204 |
| UPS1_25000amol_R1.mzML | 6836 | 40856 | 26907 | 26481 | 15840 | 4298 |
| UPS1_25000amol_R2.mzML | 7018 | 40512 | 26684 | 26116 | 15244 | 4045 |
| UPS1_25000amol_R3.mzML | 6973 | 40439 | 26849 | 26242 | 15712 | 4194 |
| UPS1_2500amol_R1.mzML | 7269 | 37482 | 26117 | 25603 | 14596 | 3936 |
| UPS1_2500amol_R2.mzML | 7247 | 37556 | 26193 | 25775 | 14663 | 4025 |
| UPS1_2500amol_R3.mzML | 7211 | 37739 | 26067 | 25376 | 14169 | 3992 |
| UPS1_250amol_R1.mzML | 7291 | 36884 | 26390 | 25928 | 15415 | 4199 |
| UPS1_250amol_R2.mzML | 7275 | 36887 | 25977 | 25394 | 14587 | 4139 |
| UPS1_250amol_R3.mzML | 7259 | 37111 | 26640 | 26211 | 15605 | 4305 |
| UPS1_50000amol_R1.mzML | 6786 | 41833 | 26988 | 26463 | 15600 | 4336 |
| UPS1_50000amol_R2.mzML | 6805 | 41653 | 26331 | 26019 | 14886 | 4296 |
| UPS1_50000amol_R3.mzML | 6815 | 41665 | 26629 | 26197 | 15382 | 4397 |
| UPS1_5000amol_R1.mzML | 7213 | 37918 | 26405 | 25772 | 14963 | 4071 |
| UPS1_5000amol_R2.mzML | 7195 | 38046 | 26592 | 26035 | 15292 | 4063 |
| UPS1_5000amol_R3.mzML | 7200 | 38052 | 26599 | 25942 | 13393 | 3747 |
| UPS1_500amol_R1.mzML | 7314 | 37009 | 26350 | 25905 | 15228 | 4093 |
| UPS1_500amol_R2.mzML | 7254 | 37492 | 26662 | 26095 | 15298 | 4095 |
| UPS1_500amol_R3.mzML | 7288 | 37342 | 26426 | 25873 | 15003 | 4070 |
| UPS1_50amol_R1.mzML | 7302 | 36443 | 25069 | 24949 | 13636 | 4966 |
| UPS1_50amol_R2.mzML | 7336 | 36416 | 25251 | 24910 | 13619 | 4590 |
| UPS1_50amol_R3.mzML | 7351 | 36345 | 25493 | 25073 | 14084 | 4506 |
Distribution of precursor charges
This is a bar chart representing the distribution of the precursor ion charges for a given whole experiment.
This information can be used to identify potential ionization problems including many 1+ charges from an ESI ionization source or an unexpected distribution of charges. MALDI experiments are expected to contain almost exclusively 1+ charged ions. An unexpected charge distribution may furthermore be caused by specific search engine parameter settings such as limiting the search to specific ion charges.
Number of Peaks per MS/MS spectrum
This chart represents a histogram containing the number of peaks per MS/MS spectrum in a given experiment. This chart assumes centroid data. Too few peaks can identify poor fragmentation or a detector fault, as opposed to a large number of peaks representing very noisy spectra. This chart is extensively dependent on the pre-processing steps performed to the spectra (centroiding, deconvolution, peak picking approach, etc).
Peak Intensity Distribution
This is a histogram representing the ion intensity vs. the frequency for all MS2 spectra in a whole given experiment. It is possible to filter the information for all, identified and unidentified spectra. This plot can give a general estimation of the noise level of the spectra.
Generally, one should expect to have a high number of low intensity noise peaks with a low number of high intensity signal peaks. A disproportionate number of high signal peaks may indicate heavy spectrum pre-filtering or potential experimental problems. In the case of data reuse this plot can be useful in identifying the requirement for pre-processing of the spectra prior to any downstream analysis. The quality of the identifications is not linked to this data as most search engines perform internal spectrum pre-processing before matching the spectra. Thus, the spectra reported are not necessarily pre-processed since the search engine may have applied the pre-processing step internally. This pre-processing is not necessarily reported in the experimental metadata.
Delta Mass
This chart represents the distribution of the relative frequency of experimental precursor ion mass (m/z) - theoretical precursor ion mass (m/z).
Mass deltas close to zero reflect more accurate identifications and also that the reporting of the amino acid modifications and charges have been done accurately. This plot can highlight systematic bias if not centered on zero. Other distributions can reflect modifications not being reported properly. Also it is easy to see the different between the target and the decoys identifications.
